Code Veronica, oldukça unutulmaz düşmanlara ve boss savaşlarına sahip, ancak oyunun en büyük zorluğu, ikinci diskte Claire’den Chris’e geçildiğinde oyuncunun ilerlemesini kazara mahvetme olasılığından kaynaklanıyor.
Önceki Resident Evil oyunları mühimmat ve silah stoklamayı teşvik ederken, bu yaklaşım Code Veronica’da Chris’i oyunun en zor kısmında dezavantajlı bırakabilir. Oyunun imza öğe kutularını yanlış kullanmak, Claire'i oyunun en iyi eşyalarıyla bırakırken Chris için oldukça zor bir başlangıç yapabilir, bu da Resident Evil: Code Veronica'yı gerçekten zor bir Resident Evil oyunu haline getirir.
