Ancak bu unsurlar, Alien serisinin tanıdık mitolojisiyle yeterince örtüşmediği için hayranlar arasında kafa karışıklığına yol açtı.

Çıkarılan sahneler arasında daha fazla bağlayıcı öğe bulunuyor ve bu sahneler yayınlandıktan sonra filme daha fazla anlam kazandırdığı görüldü.

Bazı eleştirmenlere göre, Prometheus orijinal seriden daha bağımsız bir film olarak tasarlanabilirdi. 

Predator serisinin Alien evreniyle bağlantı kurduğu gibi, Prometheus da yan bir seri başlatabilir ve kendi mitolojisini geliştirebilirdi.