Undertale, oyuncuların tüm oyunu şiddet dolu eylemlerle oynadığı ve tamamen farklı bir hikayenin ortaya çıktığı "soykırım rotası" olarak adlandırılan bir seçeneğe de sahiptir.
Undertale'in üç ana sonu vardır ve bu sonlar oyuncuların savaşı nasıl yönlendirdiğine bağlıdır; oyuncular dövüşebilir, eylemde bulunabilir ya da uygun bir seçenek olduğunda merhamet gösterebilirler.
"Mini bullet-hell" olarak adlandırılan savaş zorlukları, oyuncuları pasifist veya nötr bir rotayı terk etmeye yönlendirebilir; ancak genel olarak, soykırım rotasının Undertale'deki ilk oynanış olmaması gerektiği konusunda hemfikir olunur.
