Çalışmalarına başlanan 2. etap kapsamında ise 165 hektarlık alanda 1 milyon 100 bin metreküp çamurun temizlenmesi hedefleniyor. 2026 yılı sonunda tamamlanması planlanan 2. etap temizlik çalışmalarının ardından 3. etap çalışmaları başlayacak. Projenin tamamlanmasının ardından İzmit Körfezi'nin zamanla temiz bir akvaryum görünümüne kavuşması bekleniyor.