Hideaki Sena'nın aynı adlı romanına dayanan oyun, NYPD memuru Aya Brea'nın, insan ırkını yok etmeye çalışan Mitochondria Eve'yi durdurma çabasını anlatır.
Karanlık konusu nedeniyle Parasite Eve, ESRB tarafından "M" derecesi alan ilk Square yapımıdır.
Oyun, PlayStation'da bir devam oyununa sahip oldu ve PSP'de The 3rd Birthday adlı başarısız bir yumuşak yeniden başlatma ile geri döndü.