Ancak hikâyenin geri kalanı, tam tersini kanıtlar niteliktedir. Okulda birçok unsur, öğrencilerin güvenliğini ciddi şekilde tehlikeye atmaktadır. Örneğin, Dumbledore, Gilderoy Lockhart gibi beceriksiz profesörleri bilerek işe almıştır.

İlk kitapta, üçüncü kat koridorunda tehlikeli bir üç başlı köpek bulunmaktadır ve herhangi bir öğrenci Harry ve arkadaşları gibi bu köpekle karşılaşabilir.

Üçüncü kitapta ise şato çevresinde yer alan tehlikeli ruh emiciler, öğrencilerin duygusal durumlarını olumsuz etkiler. Hogwarts, güvenli bir yer olarak tanımlansa da, öğrencilerin her kitapta bir şekilde tehlike altında olduğu açıktır.